El mètode científic tradicional, basat en l'anàlisi3 , i la recerca de informació completa sobre un fenomen és incapaç de tractar amb aquestes interaccions complexes. És aquí on neix la ciència de la complexitat, amb la voluntat de donar una metodologia alternativa capaç d'afrontar aquests problemes.
Una funció bàsica de la filosofia és donar compte de les assumpcions implícites darrere del nostre pensament. La nova ciència de la complexitat és un canvi a moltes de les idees implícites i assumides per tots nosaltres com a científics occidentals, provinents del mètode científic tradicional heretat de Newton.
Fins al començament del segle XX, el mecanicisme clàssic4 (formulat primer per Newton i desenvolupat per Laplace) ha estat considerat com el fonament de la ciència. Moltes ciències com ara la biologia, la psicologia i l'economia han adoptat plenament aquesta metodologia científica, fins a tal punt que molta gent avui encara identifica "pensament científic" amb "pensament newtonià". I és que la ciència newtoniana presenta molts avantatges. És simple, coherent i dóna una visió del món aparentment completa5. A més, ha sigut molt exitosa en les aplicacions.
La lògica que hi ha a darrere de la ciència newtoniana, que va ser ja formulada anteriorment per Descartes, és la que definim amb el nom de reduccionisme o anàlisi. Per entendre qualsevol fenomen cal simplement descomposar-lo en parts més petites. Si aquestes parts no són prou petites, cal tornar a fer el procés per aconseguir elements encara més petits.
Passem, doncs, a introduir la filosofia6 newtoniana d'una manera més sistemàtica.
L'ontologia7 newtoniana és materialista: assumeix que tots els fenòmens, ja siguin físics, biològics, mentals o socials, són matèria. Les diferents substàncies i fenòmens del món no són més que diferents disposicions a l'espai de les mateixes matèries primeres. Amb una excepció, la ment humana8 .
La lògica9 mecanicista es basa en el principi de l'anàlisi o reduccionisme, comentat més amunt.
L'epistemologia10 newtoniana està fonamentada en la idea que el nostre coneixement és un reflex imperfecte del món exterior11 (o, el que és el mateix, de la matèria disposada d'una manera concreta fora de nosaltres). Per tant, l'objectiu de la ciència és anar fent cada cop més propers els conceptes mentals als elements externs, fins que algun dia poguem tenir una representació mental objectiva del món, gràcies a l'observació.
Això pot resumir-se amb el principi de causalitat12. Aquest principi ens diu que " una mateixa causa c tindrà sempre un mateix efecte e", i a la inversa, " un efecte e serà sempre degut a una causa c". O el que és equivalent: "dues causes 
i 
iguals tenen el mateix efecte e", i "dues causes diferents tenen efectes diferents (i viceversa).
El principi de causalitat implica que la filosofia newtoniana és determinista: tot canvi (causa → efecte) pot ser representat com una trajectòria del sistema a través del temps, és a dir, com una seqüència lineal d'estats, que segueix unes lleis naturals ben fixades. Aquestes lleis determinen completament la trajectòria cap al futur (predictivitat13) i cap al passat (reversibilitat14).
Aquesta visió ens porta a veure el món com un conjunt de trajectòries de causes i efectes, en què dues trajectòries no poden mai creuar-se. D'aquí el nom del principi de 'conservació de distinció', que vol dir que una trajectòria de causes i efectes manté sempre la seva distinció en relació a (és diferent a) una altra trajectòria. Ja que, altrament, es contradiria el principi que diu que dues causes diferents donen lloc a efectes diferents, i viceversa.
La manera de fer ciència heretada de Newton, però, presenta diversos problemes. Per exemple, no és capaç d'explicar la gran majoria de coses que ens envolten. La ciència clàssica ha evitat els fenòmens complexos, o els ha simplificat, donant lloc a explicacions poc realistes.
La manera de fer ciència heretada de Newton, però, presenta diversos problemes. Per exemple, no és capaç d'explicar la gran majoria de coses que ens envolten. La ciència clàssica ha evitat els fenòmens complexos, o els ha simplificat, donant lloc a explicacions poc realistes.
La nova visió complexa del món trenca amb gran part d'aquests principis, així com n'introdueix alguns de nous. Vegem-ho punt per punt.
1) Hem dit que l'ontologia newtoniana postula que tot el que existeix són objectes materials (materialisme) que responen a les lleis naturals deterministes.
Tanmateix, sembla ser que el que fa que percebem les coses (o sistemes15) com a tals és la seva estructura16, més que no pas el material de què estan fets.
D'altra banda, com que no existeix el coneixement objectiu i independent de l'observador, el coneixement del món és indeterminat17 .
Pel que fa al determinisme, se'ns presenta un problema quan volem incloure la ment humana dins la visió conjunta del món, ja que la nostra noció intuitiva de lliure albir no és compatible amb el principi de determinisme. Aquesta contradicció va ser resolta pels clàssics postulant el dualisme. Però això també presenta una contradicció: no podem imaginar com pot una ment actuar lliurement sobre el món determinista sense afectar-lo.
És per aquesta raó que la ciència ha ignorat molts aspectes de la realitat o se les ha arreglat per evitar el problema postulant, per exemple, el principi de la opció raonable en economia, que assumeix que un agent sempre escollirà la opció més útil. Per diverses raons que intuim òbvies, com ara la falta d'informació sobre quina és la opció més útil, això és poc realista.
2) Hem dit que la lògica mecanicista es basava en el reduccionisme, però com hem comentat, hi ha alguna cosa en les coses que es perd quan les dividim en parts. Quan les parts es combinen en un tot, surgeixen noves propietats que no existien en cap de les parts. Aquest fenomen rep el nom d'emergència18.
3) L'epistemologia actual ha deixat de pensar que les coses de l'univers existeixen de manera objectiva i exterior al subjecte. Ara el món pot ser vist de diferents maneres, des de diferents perspectives. Així, el nostre aparell cognitiu és el que construeix les idees, el que classifica el món extern en coses, i el que selecciona les coses que veu i que no veu19
3) L'epistemologia actual ha deixat de pensar que les coses de l'univers existeixen de manera objectiva i exterior al subjecte. Ara el món pot ser vist de diferents maneres, des de diferents perspectives. Així, el nostre aparell cognitiu és el que construeix les idees, el que classifica el món extern en coses, i el que selecciona les coses que veu i que no veu19
notes
1 Un sistema és un conjunt d'elements en interacció que formen un tot. Aquest "tot" pot ser alhora un element d'un altre sistema de nivell superior. I així successivament.
2 L'efecte papallona fa referència a la possibilitat que un petitíssim canvi en el sistema doni lloc, amb el temps, a un gran efecte.Per exemple, el fet que l'aleteig d'una papallona a un racó de la Terra pugui esdevenir amb el temps en un tornado en una altra part del món.
3 L'anàlisi és el procés pel qual un problema complex es descomposa (o trenca) en parts per tal d'entendre'l millor.. És sinònim de reduccionisme.
4 En física, la mecànica clàssica és una de les dues principals branques de la mecànica, que s'ocupa del comportament dels cosos sotmesos a l'acció de les forces. L'altra gran branca és la mecànica quantica, la qual inclou la clàssica, i per tal, és de propòsit més general.
5 És important remarcar com la ciència tradicional ha estat concebuda com a capaç de donar explicacions completes i tancades de parcel·les del món.
6 La filosofia es subdivideix tradicionalment en la metafísica, la lògica, l'epistemologia, l'estètica i l'ètica.
7 La ontologia és la part de la metafísica que s'encarrega de descriure quins tipus d'ens o 'coses' hi ha a la realitat.
8 El dualisme postula que la ment és una categoria independent de la resta d'objectes materials del món.
9 La lògica és la branca de la filosofia que s'encarrega de determinar quins arguments són vàlids.
10 L'epistemologia és la part de la filosofia que estudia de quina manera podem saber i raonar sobre la realitat.
11 L'epistemologia clàssica anomena creences al que nosaltres pensem que és cert, i veritats al que ho és. El coneixement seria la intersecció entre les creences i les veritats, ja que hi ha creences falses, i veritats que no coneixem. L'objectiu final de la ciència seria fer coincidir les creences amb les veritats.
12 També anomenat principi de la conservació de la distinció. Per a saber-ne més, us recomanem:
13 Tot estat futur d'un sistema és predictible a partir de lleis naturals deterministes.
14 Es pot calcular tots els estats passats d'un sistema a partir de les lleis naturals deterministes.
15 En el nostre llenguatge un sistema és equivalent al que anomenem 'cosa' o 'element', o 'un tot'. Cal recordar, seguint la visió que hem introduït, que un sistema està alhora compost d'altres elements, i que ell mateix és també part d'un sistema d'ordre superior.
16 Vegeu l'antiga dicotomia entre forma (o estructura) i substància (o matèria) a Capra (1996).
17 La incertesa (o indeterminació) és un aspecte central de la teoria de la complexitat.
18 L'emergència és un aspecte molt important en teoria de sistemes. Un exemple d'aquest fenomen serien les onades que es formen a un desert, les quals estan formades per petits grans de sorra. Les onades, però, no es poden predir a partir de les característiques dels grans.
19 S'han dut a terme experiments visuals amb subjectes que, en no esperar un objecte en determinat context, ni tan sols el veuen.
